В июле 1710 года, осмотрев место у впадения Черной речки, нынешней Монастырки, в Неву, Петр Первый издал приказ строить здесь монастырь, в распоряжение которого было выделено пять тысяч квадратных саженей по обоим берегам Невы, угодья в Олонецком крае, а также был приписан богатый Валдайский Иверский монастырь со своими вотчинами.
Александр Невский был канонизирован Русской православной церковью, а Петр Первый возвел его в чин Небесного покровителя Санкт-Петербурга. Святые мощи из Владимира были перевезены им в лавру 30 августа 1724 года, и по сей день к ним приходят верующие, чтобы попросить избавления от всех бед.
Александро-Невский монастырь был задуман Петром как образцовый, так как именно в нем он планировал претворить в жизнь свою идею служения монашества миру. Монастырь строился как благотворительное, лечебное и учебное учреждение. Здесь была создана одна из первых типографий, в которой печатались не только богословские книги, но и учебная литература.
На территории лавры нашли покой многие выдающиеся деятели 18—19 веков. В 1800 году здесь хоронили Александра Суворова.
В 1930-х лавра была упразднена. Здесь разместились мастерские, станция переливания крови, аэроклуб, овощехранилище. В 1957 году богослужения были возобновлены.