Специалисты СПбГУ создали новый сборщик для расшифровки геномов вирусов
Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ и Калифорнийского университета в Сан-Диего разработали новый сборщик, позволяющий найти и собрать геном вируса среди множества других последовательностей, сообщает пресс-служба петербургского вуза.
Новая разработка поможет быстрее и удобнее расшифровывать вирусные геномы, а значит, даст возможность быстрее приступить к созданию тест-систем и вакцин от опасных инфекций.
Когда человечество сталкивается с новым вирусом, биологи в первую очередь принимаются за расшифровку его генома, так как это необходимо для диагностики заболевания и разработки вакцины. Однако сложность заключается в том, что в слюне пациента с COVID-19, которая использовалась для самой первой расшифровки коронавируса, содержались геномы многих других, в большинстве своём безвредных вирусов.
Именно поэтому необходимо сперва решить гораздо более сложную вычислительную задачу, чем расшифровка одного генома. Однако проблема в том, что в результате такой работы можно получить тысячи последовательностей, среди которых будут фрагменты генетического кода как вирусов, так и других бактерий.
Поэтому биоинформатикам предстоит буквально по кусочкам собрать полный геном вируса, который и стал виновником вспышки заболевания в мире. Ещё недавно у исследователей не было специального инструмента, который позволил бы собирать вирусные метагеномы. Однако группа российских и американских учёных разработала сборщик под названием metaviralSPAdes, который помог всё упростить.
В пресс-службе вуза отметили, что пандемия COVID-19 стала тревожным звонком для биологов, которые занимаются изучением передачи вирусов от животных к человеку. Распространение коронавирусной инфекции напомнило, насколько важно исследовать различных хозяев вирусов, к примеру, летучих мышей, которые обладают беспрецедентной иммунной системой.
Проведение переписи вирусных геномов самых разных животных является сложной вычислительной проблемой. Но после создания нового сборщика биологи смогут быстрее реконструировать вирусные геномы любых потенциальных источников будущих пандемий.
Ранее сообщалось, что созданные в СПбПУ математические модели дают жёлтый свет снятию ограничений в Петербурге.
