«Топ-500 за последние десять лет»: учёный о том, на что выделен грант от фонда Цукерберга

Ведущий исследователь Центра алгоритмической биотехнологии Антон Коробейников рассказал 78.ru, на что именно учёные СПбГУ получили грант Фонда Цукерберга.

— Геном — это носитель наследственной информации, о котором можно думать как об очень длинной цепочке. Длина генома всем известного SARS-CoV-2 составляет около 26 тыс. знаков, у бактерий он обычно несколько миллионов, у нас с вами — три с лишним миллиарда. Для многих задач необходимо знать эту последовательность — это называется восстановление структуры ДНК. К сожалению, имеющиеся технологии не позволяют прочитать всю эту строчку от начала до конца, как она есть. Вместо этого читаются небольшие фрагменты, которые могут читаться неточно. Встаёт задача: как, имея исходные точки, восстановить целиком строку, — объясняет Коробейников.

По его словам, задачу восстановления и выполняет SPADES, геномный сборщик, разработанный ещё десять лет назад. В настоящее время технология используется по всему миру, в частности, с её помощью получали и сравнивали цепочки генома штаммов коронавируса, чтобы выяснить, кто из них более агрессивен. Также SPADES используется для поиска новых антибиотиков.

— Статья с исследованиями, в которых мы описываем программу и её модули, процитирована более 15 тыс. раз, что автоматически выводит её в топ-500 работ по цитируемости за последние десять лет в мире, — поделился учёный.

QUAST — это утилита, позволяющая оценить точность сборки полученного генома по нескольким десяткам параметров. Программа с открытым кодом, которую может использовать кто угодно, поэтому подобный грант является отличным подспорьем.

— Цель гранта — дальнейшая разработка и поддержка этих двух программных продуктов. В некотором смысле, это целевой грант, но он достаточно сильно отличается от научных. Обычно, когда мы подаём заявку на грант, от нас ожидают конкретных научных результатов, в данном же случае грант нацелен на поддержку уже существующих программных продуктов, — отмечает Коробейников.

Он также пояснил, что по существующей системе получить поддержку на то, что уже работает, довольно сложно — грантовое финансирование, как правило, получают за новые разработки, что влечёт за собой «придумывание велосипедов». Благодаря полученным средствам учёные смогут продолжать выпускать обновления программы. Сумма гранта не разглашается, однако в центре сообщили, что полученных средств хватит на два года работы, а по объёму грант сопоставим с хорошими российскими аналогами, выделяемыми для науки.

Ранее 78.ru писал о том, что учёные СПбГУ первыми в России получили грант от Цукерберга на биомедицинские исследования.